Sam Harris twijfelt aan Obama's beslissing om de geneticus Francis Collins aan te stellen als directeur van de National Institutes of Health, een aantal instituten die zich toeleggen op geneeskundig onderzoek in dienst van de federale overheid. De NIH stelt zich ten doel een gezond leven te bevorderen en ziekte en handicaps terug te dringen door wetenschap toe te passen die is gebaseerd op een fundamentele kennis van de natuur en het leven.

Francis Collins is een erkende geneticus met een grote staat van dienst, die vooral bekend is vanwege het Human Genome Project, dat het menselijk DNA in kaart brengt. Maar ook is hij een evangelische born again christen die als uitgangspunt heeft dat de menselijke natuur door de wetenschap niet kan worden doorgrond. In zijn boek The Language of God: A Scientist Presents Evidence for Belief uit 2006 hield hij een pleidooi voor het samengaan van geloof en wetenschap.
Hoewel Collins een gevestigde wetenschapper is, kreeg hij pas naamsbekendheid onder het grote publiek toen hij zichzelf op een charismatische manier bekend maakte als christen. Lisa Miller van Newsweek stelt dat de reden dat Obama hem wil aanstellen is dat hij als christen het debat moet leiden over stamcelonderzoek en klonen, onderzoek dat onder Bush verboden was, maar waar Obama het groene licht voor heeft gegeven. De aanstelling is niet alleen een wetenschappelijke, maar ook een politieke keuze.

Harris wijst erop dat Collins jaarlijks beschikt over een budget van dertig miljard dollar om toe te wijzen aan onderzoek door de instituten. Ook wordt hij de belangrijkste vertegenwoordiger van de wetenschap in de VS. Hij verwijst naar een lezing die Collins vorig jaar gaf aan de University of California in Berkley. Collins zei toen dat de almachtige God, die niet wordt begrensd door ruimte en tijd, 13,7 miljoen jaar geleden het universum schiep en later de mensheid kennis schonk over goed en kwaad, de vrije wil en de onsterfelijke ziel. De vrije wil leidde ertoe dat mensen de door god geschonken wetten overtraden, en om dit probleem op te lossen werd Jezus gezonden.
Collins stelde dat 'goed' en 'kwaad' slechts een illusie zouden zijn als de moraal 'slechts een neveneffect is van de evolutie', en vroeg zich af of atheïsten zo'n wereldbeeld kunnen accepteren.

Dit is zorgelijk omdat het peil van de wetenschappelijke kennis onder het publiek in de VS zeer laag is. Collins beweerde dat de conclusies van de wetenschap het bestaan van god 'zeer aannemelijk' maken: de Big Bang, de fijne afstemming van de natuurconstanten, het ontstaan van complexe levensvormen, de effectiviteit van wiskunde, dit alles zou het bestaan suggereren van een 'liefhebbende, logische en consistente god'. Maar op een weerlegging van deze suggesties is zijn reactie dat de wetenschap het bestaan van god helemaal niet kan bewijzen.

Harris maakt zich vooral zorgen over Collins' bewering dat 'de wetenschap geen antwoorden heeft op de belangrijkste vragen rond het bestaan van de mens'. Iemand die meent dat de moraal een geschenk van God is, kan geen objectief begrip hebben van neurowetenschappelijke kennis over de werking van de hersens.
De menselijke hersens zijn een product van de evolutie. Als religie moet worden beschouwd als bron van de moraal, is het niet duidelijk hoe hersenafwijkingen moeten worden verklaard. Er bestaan wel degelijk wetenschappelijke verklaringen voor het menselijk gedrag, gebaseerd op de evolutie en de werking van de hersens.

De vraag moet worden gesteld of het verstandig is de toekomst van het wetenschappelijk onderzoek in de VS in handen te leggen van iemand die van mening is dat wetenschappelijk begrip van de menselijke natuur onmogelijk is.